L'histoire du centre de villégiature The Fairmont Sonoma Mission Inn & Spa remonte jusqu'aux Natifs Américains qui étaient les premiers à découvrir les sources d'eau thermale souterraines. Ce site était considéré comme un lieu sacré de guérison et leur « bain de sueur » se trouvait non loin des sources pendant des générations. En 1840, Dr T.M. Leavenworth, un physicien excentrique de San Francisco, devenait le premier à commercialiser les sources d'eau thermale. En 1895, Capitaine H.E. Boyes, un jeune entrepreneur anglais, acquérait la propriété et c'est en creusant un puits de 21 mètres qu'il découvre une source d'eau thermale de 44^o C (112 F). En moins de cinq ans, il avait construit le Boyes Hot Springs Hotel sur le site même. Aussitôt, les San Franciscains fortunés arrivaient par train ou par bateau afin d'expérimenter les bienfaits de cette eau au meilleur centre de villégiature de la Californie. En 1923, un feu désastreux détruisait l'hôtel et la majeure partie de la source. Par contre, en 1927, l'auberge actuelle se relevait des ses cendres pour devenir une réplique exacte d'une Mission californienne. Une fois de plus, l'auberge se remplit de clients et redevient l'un des meilleurs centres de villégiature au nord de la Californie.

Pendant la Grande Dépression, qui débuta avec la chute de la bourse en 1929, le centre de villégiature a dû être mis sous séquestre. Il en est demeuré ainsi jusqu'en 1933, alors qu'il fut acheté par Emily Long, une hôtelière de Grass Valley, et il fut restauré à prospérité. Durant la deuxième guerre mondiale, l'hôtel est tombé sous le contrôle de la marine de guerre. Il en est devenu un lieu de repos et de relaxation pour les matelots et les fusiliers marins jusqu'en 1945. Par la suite, l'auberge connut plusieurs transformations, dont un camp d'entraînement pour des équipes sportives reconnues. Pendant cette période, le restaurant The Big 3 s'est établi comme un lieu de rencontre pour les gens de la région et les clients de l'hôtel. Devenu le restaurant le plus longtemps ouvert et opérationnel dans la vallée de Sonoma, le restaurant the Big 3 est ancré au coin de l'autoroute 12 et du boulevard Boyes, à l'entrée de l'auberge.

En 1980, des rénovations majeures ont redonnées à l'auberge son style grandiose des années 1920, et le spa, ajouté en 1981, attire des visiteurs de partout sur la planète. Depuis, les dernières rénovations, débutées en 1999 et complétées en 2000, incluent l'expansion du spa à 40 000 pi. ca. d'espaces intérieurs et extérieurs avec un aménagement paysagé des plus impressionnants, lui donnant ainsi un style typiquement européen.

Ses 60 nouvelles suites, son paysage, son nouveau parc de stationnement et ses salles de congrès font de l'hôtel The Fairmont Sonoma Mission Inn & Spa un endroit vraiment unique au 21^e siècle.